仮面ティーチャーとは、20XX年、体罰が全面禁止され、無法地帯と化した教育界を是正するため、政府により力で生徒を制圧することを許された特別教師。華空学院高校で問題児ばかりが集まる2年C組を担任する荒木剛太(藤ヶ谷太輔)も、仮面ティーチャープログラムにより派遣された期待の教師だ。しかし剛太は、過去のある事件をきっかけに、「人と人は心でわかりあえる」という信念を持ち、生徒たちと力ではなく心で向き合うようになっていた。華空学院最強の男・武原金造(菊池風磨)が率いる4人の強者「M4」(エムフォー)。教師はもちろんのこと、大人を一切信用していなかった彼らは最初剛太に反発をし続けたが、剛太の情熱と1人1人に誠実に向き合う姿勢に徐々に心を動かされ、学級崩壊していた2年C組にも、いつしか温かく平和な日々が訪れていた。また、生徒でありながら「黒の仮面ティーチャー」として暗躍する草薙圭吾(ジェシー)と金造との間には、お互いを認め合った者同士だからこそ結ばれる、ある種の友情が芽生え始めていた。剛太を華空学院に派遣した教育省の飯倉塁(斎藤工)は、剛太の信念に心を動かされ、「仮面ティーチャー法」の改正を訴え、力だけに頼らず生徒たちを更生させる道を模索する。しかし、飯倉の上司・御堂信彦(萩原聖人)はその訴えに全く耳を傾けず、それを一蹴する。学院の秩序をより強化すべく、御堂は新たな刺客を送り込む。それは、剛太の高校時代の担任教師で自暴自棄になっていた剛太を更生させた恩師、羅門公平(遠藤憲一)であった。しかし、羅門には、生徒に熱い想いで接し、剛太に「信じることの大切さ」を教えてくれたかつての面影は完全になくなっていた。羅門と一緒に赴任してきた阿南塔子(原幹恵)、そして羅門の意志により結成された新生徒会(小瀧望 他)と共に、「指導」という名のもと力で生徒を制圧し、恐怖による秩序を生み出していく。その異様な光景に、金造、草薙、M4らは警戒心をつのらせていた。なぜ、羅門は変わってしまったのか――。かつて、羅門は生徒への熱い想いを拳に込めて指導していたが、時代の流れの変化によってそれが行き過ぎた体罰とみなされ、教壇を追われていたのだ。御堂はその羅門を教師に復帰させ、力で生徒たちを制圧することで、教育の現場をドラスティックに変革することを目論んでいた。新生徒会は校則を守らないという理由だけで生徒たちを警棒でたたきのめす。そのような恐怖政治により、華空学院をほぼ制圧した羅門たちの脅威がついに、金造や草薙、M4に襲いかかる。自分の生徒たち、学院を守るため、そしてかつての恩師に本当の姿を取り戻してもらうために、羅門と闘うことを決意する剛太。闇に閉ざされた教育の現場を救うのは、力か、心か。運命の特別授業がついに始まる――。