冬の祭典が迫る木ノ葉隠れの里。ナルトはラーメン屋「一楽」で、共に成長してきた仲間たちと楽しい時を過ごしている。そんな中、こっそり編んだマフラーに込めたヒナタの想いは、未だ届かずにいた。ずっと見守ることしかできなかった自分を嫌うヒナタ。その時突如、謎の男が現れる。間一髪でナルトが助けに入ったが「お前たちは滅亡する運命にある。その前にヒナタ、君を必ず迎えに来る」と奇妙な言葉を残して消えた。滅亡する運命とは? なぜヒナタが狙われるのか? その時、強烈な光と共に隕石が夜空を貫いた...。月の異常接近!これは天災か、それとも忍びたちへの警鐘か――。緊急開催される五影会談。そこに座る各国の長である雷影、水影、土影、我愛羅、そして...。このままでは月は崩壊、そしてその残骸が地上に降り注ぐ、まさに人類滅亡へのカウントダウンが始まっていた。混乱に陥る忍たち。ナルトはサクラ、シカマル、サイ、そしてヒナタと調査に向かい、巨大な呪印が刻まれた異質な地底空間へと辿り着く。そこで彼らを待ち受けていたものは、"ある計画"と信じられない名前だった。新時代へと希望を紡げ。未来を、あきらめない。大筒木トネリ。男の正体はかつてナルト、サスケと死闘を繰り広げたチャクラの祖・大筒木カグヤの子孫であった。その瞬間、傀儡隊を引き連れたトネリが現れ、圧倒的な力でナルトたちを蹴散らしていく。そしてヒナタはついに、その手に堕ちてしまう。その頃地上では、降り注ぐ隕石との壮絶な防衛戦が限界を迎えていた。ついに語られる「真の最終計画」とは!? 大筒木一族、そしてヒナタたち日向一族の間にある哀しき宿命とは!? 訪れる地球最後の日、それぞれの曲がらない想いが、時を超えて激突する!