天才発明家であり宇宙飛行士であり、科学者でもあるリードは、人間の進化に多大な影響を与えたと考えられる宇宙嵐が地球に接近していることを突き止める。宇宙へ飛び、宇宙嵐の中心に迫れば、人間の遺伝子情報の秘密を突き止めて人類に貢献できるとして、彼は大学時代のライバルで、億万長者の実業家であるビクターに相談する。ビクターはそんなリードの研究を自分の功績にできるチャンスだと企み、リードの研究と実験に協力する。参加メンバーは、リードの元恋人のスー、彼女の弟のパイロットであるジョニー、リードの大学の同級生ベン、それにビクターとリードの5人だ。5人は宇宙ステーションへと飛び立つが、宇宙放射線の荒れ狂う雲の中に巻き込まれ、全員がその放射線を浴びてしまう! 宇宙放射線によりDNAが変化した5人は、自分の体に現れた特別な能力を意識する。リードは体がゴムのように伸縮自在になり、スーは自身や物体を透明化し、強力なバリアを発生させ、ジョニーは自らを発火させ、空を飛ぶ能力を得て、ベンは皮膚が岩のように固くなり、怪力男と変身する。4人はそんな特別な能力にとまどいながらも、たまたま遭遇した事故でその能力を使って人々を救い出し、彼らのパワーは世間から注目されることとなる。そして、いつしか"ファンタスティック・フォー"と呼ばれるようになっていた。一方、やはり宇宙放射線を浴びていたビクターは、多大な投資をした実験が失敗に終わり、投資家から返済を迫られる。また最愛のスーが再びリードと仲を深めていくのを見て、深い怒りと絶望感に襲われる。その怒りにより、ビクターに邪悪で強力なパワーが与えられ、恐るべき存在へと変身する。因縁によって結ばれた4人と1人が、善と悪に立場を分かち、今ここにスーパーバトルが始まった!